Ti consiglierei Drive Image della Power Quest (Si trova gratuitamente anche in alcune riviste o comuqnue è facilmente reperibile), crea un backup completo di tutto il sistema e dei files in esso contenuti, inoltre in base al supporto sul quale intendi masterizzare i dati, te li crea in modo che sia lui stesso a dirti quanti sc/dvd ti servano e te li splitta automaticamente lui.
Dovrebbe avere qualche funzione di criptaggio o comunque i files sul disco non sono comunque accessibili poichè per poterli vedere và necessariemente decomperesso IN QUEL SISTEMA (sennò il s.o. non parte proprio poichè la configurazione del s.o. è proprio di ogni macchina).
La procedura non ricordo se si possa fare a computer acceso, ma comunque si fa in batch al riavvio del pc e salva l'immagine nel percorso specificato.
Oppure potresti usare questo software gratuito (che però non ho provato) funziona solo con Microsoft Windows XP, Microsoft Windows Server 2003 e Microsoft Windows Vista :
http://www.runtime.org/driveimage-xml.htmComunque fai una ricerca so google alla voce DriveImage e troverai ciò che più ti si addice
Ciao.